通过对太湖钻孔岩芯岩性、结构、构造的剖析及粒度、磁化率的测试，发现冰后期东太湖形成于距今6500年前。在距今6500—5800年，为一水深约2—3m的、经常受到流水作用影响的浅水湖泊。距今约5800—5700年，东太湖曾一度干枯或接近于干枯。距今5700年以来湖泊变浅，平均水深只有1m左右。由于湖泊变浅，湖底经常遭受波浪的扰动，形成波状层理或透镜状层理。西太湖局部洼地集水成湖的时间比东太湖早，并且水深比东太湖大。在5000aB．P，东、西太湖并未连通。东、西太湖的连通及太湖统一水体的形成开始于4000—3500aB．P．。东太湖的成湖及东、西太湖的连通，湖面的扩大与水深的变浅，与冰期后海面上升引起的河谷与洼地沉积充填、淤塞有关。

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